Υπάρχουν περισσότερα για να μάθετε για τον ιό Grapevine Pinot gris και η νέα τεχνολογία μπορεί να σας βοηθήσει


Περισσότερα για να μάθετε για τον ιό Grapevine Pinot gris – η νέα τεχνολογία μπορεί να σας βοηθήσει

Αμπέλι. Πίστωση: Petra Söhner από την Pixabay

Εστιάζοντας σε έναν συγκεκριμένο αμπελώνα στην περιοχή Chateauneuf-du-Pape στο νότιο τμήμα της Γαλλίας, οι φυτοπαθολόγοι πέρασαν 8 χρόνια παρακολουθώντας περισσότερα από 60 φυτά για σημεία του ιού Grapevine Pinot gris (GPGV). Σε αντίθεση με προηγούμενες παρατηρήσεις στην Ιταλία, παρατήρησαν έναν εκρηκτικό πολλαπλασιασμό του ιού, με περισσότερο από το 75 τοις εκατό των ελεγχόμενων φυτών να μολύνθηκαν μεταξύ 2014 και 2015. Παραδόξως, μόνο ένας οριακός αριθμός αμπέλων βρέθηκε θετικός κατά τα υπόλοιπα πέντε χρόνια της μελέτης.


Το GPGV εντοπίστηκε για πρώτη φορά στη βορειοανατολική Ιταλία το 2011 χάρη στο High-Throughput Sequencing (HTS), μια νεότερη τεχνολογία που έχει βελτιώσει την ικανότητά μας να κατανοούμε καλύτερα τις αντιδράσεις των φυτών και την έκφραση του γονιδιώματος. Οι φυτοπαθολόγοι μπορούν επίσης να χρησιμοποιήσουν το HTS για την αναγνώριση του ιού, το οποίο απεικονίζει τη συγκέντρωση ιικών γονιδιωμάτων σε ένα δείγμα.

Εξετάζοντας το GPGV, ο φυτοπαθολόγος Jean-Michel Hily και οι συνεργάτες του ανέσυραν γονιδιωματικές πληροφορίες από 18 δείγματα και επανασυναρμολόγησαν 25 πλήρη γονιδιώματα.

“Σε συνδυασμό με , προτείναμε ένα μοντέλο φυλοδυναμικής ανασυγκρότησης των γεγονότων εισαγωγής και διάδοσης GPGV στην περιοχή Chateauneuf-du-Pape”, εξήγησε ο Hily. “Η υψηλότερη πιθανότητα εισαγωγής GPGV στον αμπελώνα CDP υπολογίστηκε μεταξύ 1999 και 2003, με 3 έως 6 πιθανές ανεξάρτητες εισαγωγές. Είναι επίσης σημαντικό να επισημάνουμε πόσο ισχυρά εργαλεία βιοπληροφορικής έχουν γίνει – το μοντέλο μας προέβλεψε με ακρίβεια ένα κύμα μετάδοσης εντός του αμπελώνα μεταξύ 2014 και 2015, όπως έχει ήδη επιβεβαιωθεί από το RT-PCR».

Τα ευρήματά τους έρχονται σε αντίθεση με τις καταστάσεις GPGV σε δύο ιταλικούς αμπελώνες, οι οποίοι απεικόνιζαν μια γρήγορη αλλά τακτική και προοδευτική εξάπλωση του στο περασμα του χρονου. Η εκρηκτική φύση του ιού στους Γάλλους προσθέτει στην υπάρχουσα κατανόηση του GPGV και εγείρει ερωτήματα σχετικά με φορείς, συγκεκριμένες κλιματικές συνθήκες ή άλλες άγνωστες παραμέτρους.

Ο Hily και οι συνεργάτες του έχουν γράψει για το GPGV στο παρελθόν. Η πρώτη τους εργασία παρείχε μια παγκόσμια μελέτη εξελικτικής ιστορίας του ιού και είναι ένα εξαιρετικό συμπλήρωμα στην τελευταία τους εργασία, η οποία προσφέρει περισσότερες λεπτομέρειες για την επιδημιολογία σε τοπική κλίμακα.

«Τα αποτελέσματά μας υπογραμμίζουν επίσης την αποσύνδεση μεταξύ της εισαγωγής του ιού, πιθανότατα από μολυσμένα υλικά, και της μετάδοσής του από φυτό σε φυτό από φορείς», σημειώνει η ομάδα.


Η αλληλουχία υψηλής απόδοσης παρακολουθεί την ιστορική εξάπλωση των ιών της αμπέλου


Περισσότερες πληροφορίες:
Τρέχουσα έρευνα: Jean-Michel Hily et al, Biological Evidence and Molecular Modeling of a Grapevine Pinot gris Virus Surveak in a Vineyard, Phytobiomes Journal (2021). DOI: 10.1094/PBIOMES-11-20-0079-R

Προηγούμενη έρευνα: Jean-Michel Hily et al, Datamining, Genetic Diversity Analyses, and Phylogeographic Reconstructions Επαναπροσδιορίζουν την Παγκόσμια εξελικτική ιστορία του ιού Pinot gris της αμπέλου και του ιού εσωτερικής νέκρωσης των μούρων αμπέλου, Phytobiomes Journal (2019). DOI: 10.1094/PBIOMES-10-19-0061-R

Παρέχεται από την Αμερικανική Φυτοπαθολογική Εταιρεία

Παραπομπή: Υπάρχουν περισσότερα για να μάθετε για τον ιό Grapevine Pinot gris, και η νέα τεχνολογία μπορεί να βοηθήσει (2022, 5 Ιανουαρίου) που ανακτήθηκε στις 6 Ιανουαρίου 2022 από τη https://phys.org/news/2022-01-grapevine-pinot-gris-virus-technology .html

Αυτό το έγγραφο υπόκειται σε πνευματικά δικαιώματα. Εκτός από κάθε δίκαιη συναλλαγή για σκοπούς ιδιωτικής μελέτης ή έρευνας, κανένα μέρος δεν μπορεί να αναπαραχθεί χωρίς τη γραπτή άδεια. Το περιεχόμενο παρέχεται μόνο για ενημερωτικούς σκοπούς.



Source link

By koutsobolis

koutsobolis.com

Αφήστε μια απάντηση

Η ηλ. διεύθυνση σας δεν δημοσιεύεται. Τα υποχρεωτικά πεδία σημειώνονται με *